Незалежно від часу садіння кореневі паростки викопують у вересні. Як уже відмічалося, ранньоосіннє викопування саджанців малини позитивно впливає на збереження і відростання у них кореневих стебел. Ранні строки заготівлі паростків сприяють кращому відростанню підземних стебел на маточнику в наступний рік. При ранньоосінній заготівлі підземні етіольовані паростки на коренях майже не обламуються. Коренева система у саджанців на цей час уже повністю сформована і стебла на висоті до 20—30 см здерев'яніли. Такі саджанці добре приживаються після садіння. З викопаних паростків негайно видаляють листки.

Заготівля паростків навесні призводить до значного обламування бруньок заміщення в основі стебел у зв'язку з дуже раннім їх проростанням.

Викопуючи паростки, стежать за тим, щоб зберегти на них якнайбільше коренів завдовжки не менше 12—15 см. На малих ділянках і при відсутності механізмів кореневі паростки викопують вручну. Добрі результати дає суцільне підкопування смуг малини тракторним плугом ВПН-2. Після вибирання паростків у грунті залишається багато коренів малини, з яких наступного року відростають нові рослини. Такий маточник для заготівлі паростків використовують два-три роки.

Викопані паростки відразу обрізують на висоті 40— 50 см, одночасно сортують і тимчасово прикопують. Негайне прикопування саджанців після вибирання з грунту запобігає підсиханню коренів. Для садіння придатні паростки з добре розвинутими густими коренями і визрілим стеблом на висоті 10—15 см, товщина якого становить не менше 8—10 мм. Кореневі паростки, у яких на підземній частині стебла не виросли корені, а є тільки материнський корінь, після садіння приймаються погано і тому їх бракують. Прикопують саджанці на 10—15 см глибше, ніж вони росли на маточній ділянці.

Для перевезення залізницею саджанці пакують у довгасті пакунки, обгорнуті зверху очеретом або соломою (околотом), а всередині корені обкладають зволоженим мохом або м'ятою соломою. Якщо саджанці перевозять автомобілями, на дно кузова настеляють вологу м'яту солому і укладають їх похило рядами, перестеляючи корені зволоженим мохом або соломою.