Підземна частина малини складається з кореневища й додаткових коренів, що виростають з нижніх частин ще молодих стебел, розміщених у грунті (рис. 1). Справжні корені мають лише рослини, вирощені з насіння.

Рис. 1. Підземна частина кореневого паростка малини:

1—бруньки, з яких виростають нові пагони заміщення; 2 — додаткові корені на підземному стеблі; З— стеблові бруньки, з яких виростають бокові пагони кореневища; 4 — підземне стебло (кореневище); 5—материнський корінь паростка.

Кореневище, як підземна частина стебел,— багаторічне, щороку потовщується. Воно майже пряме і залежно від кількості пророслих на ньому бруньок, з яких виростають стебла, більш або менш розгалужене. Нові стебла щороку виростають з бруньок, розміщених на кореневищі і його розгалуженнях. Крім того, частина пагонів виростає з додаткових бруньок коренів. Кожне стебло має на своїй підземній частині бруньки заміщення.

Рис.  2. Відростання  нових стебел  з бруньок на  корені  малини:

1—молоді етіольовані стебла, що виросли в грунті до осені; 2 — непророслі до осені додаткові бруньки у вигляді білих горбочків.

На стеблі, яке виросте з бруньки, розміщеної ближче до поверхні грунту, утворюється менше бруньок заміщення і додаткових коренів, ніж з бруньки на глибше розміщеній частині кореневища або кореня.

У старих рослин і на важких грунтах бруньки заміщення зосереджені у верхній частині кореневища.

Стебла, основи яких з бруньками заміщення виходять близько до поверхні грунту, після плодоношення відмирають до самої основи. Оскільки на верхівці кореневища нові стебла не виростають, то й кореневище теж відмирає. Тому старі рослини на плантації замінюють новими, які виростають з кореневих паростків.

На коренях малини з перициклу утворюється багато придаткових (адвентивних) бруньок. Більшість з них відмирає чи пошкоджується шкідниками, але значна частина розвивається й дає кореневі паростки (рис. 2). Придаткові бруньки починають розвиватися в червні — липні. Спочатку вони мають вигляд   маленьких буруватих горбочків на поверхні коренів, з яких виростають пагони. До осені пагони ростуть під землею повільно і зупиняються в рості, як тільки замерзне грунт. Через нестачу світла підземні стебла білі (етіольовані) і мають зачаткові листочки у вигляді лусочок, у пазухах яких формуються ростові бруньки. Навесні, коли грунт відтане, кореневі паростки відновлюють ріст і з'являються над поверхнею грунту тим раніше, чим ближче вони були до його поверхні. За літо на підземній частині стебел виростають корені, частина бруньок у пазухах лусок проростає. Чим більше виросте коренів на паростках і чим краще вони розгалузяться, тим сильнішим буде саджанець.

Глибше розміщені й старі корені дають мало кореневих паростків. Найбільше їх виростає на легких, удобрених грунтах та на молодих плантаціях. Крім того, різні сорти дають неоднакову кількість кореневих паростків. У сортів Новокитаївська і Награда на коренях утворюється багато додаткових бруньок, з яких на плантаціях утворюється багато паростків, а в сорту Новость Кузьміна їх виростає значно менше.

Властивість сорту малини давати багато кореневих паростків дуже цінна, бо завдяки цьому легко його розмножувати, а також створювати суцільні смуги стебел. Проте ця особливість призводить до додаткових витрат коштів на видалення зайвих паростків на товарних плантаціях, щоб не допустити надмірного загущення.

Корені малини дуже вибагливі до аерації грунту, розміщуються в основному у верхньому його шарі на глибині до ЗО см. 1 тільки невелика кількість їх проникає глибше. Вони добре розвиваються в структурних або легких грунтах, забезпечених вологою і поживними речовинами, швидко поширюються в бік міжряддя. Уже на третій рік після садіння вони перебувають у радіусі 100—120 см від куща, але основна маса коренів знаходиться в радіусі до 50— 60 см від центра кущів чи смуги. Корені малини, як і суниці та аґрусу, гинуть при довгочасному затопленні грунту водою.